当院は大分県で唯一の総合周産期母子医療センタ－を備えており、小児外科、眼科、心臓血管外科、脳神経外科、耳鼻咽喉科といった他の診療科とも協力しながら治療を行っています。
　新生児病棟は、NICU(新生児集中治療室)に9床、新生児回復病床に24床のベッドを持っていますが、そのほとんどが保育器で、人工呼吸器をつけるお子さんが年間100人はいます。手術も年間15件ほど行っています。開業産婦人科から入院受け入れの依頼があれば、新生児専用の救急車（カンガルー号：写真）に医師が同乗して赤ちゃんを迎えにいきますが、その出動件数は年間100件前後です。
　外来では開業小児科から紹介のあった赤ちゃんを診察したり、新生児病棟を退院したお子さんの長期的な発達を診たりしています。また、医療的ケアが必要なお子さんが家族と一緒に生活していけるよう、サポート体制を整えることにも力を入れています。