新しい体制の下、平成18年9月には「大分県病院事業中期事業計画（平成19年度～平成22年度）」が策定されました。本計画では、「医療の質の向上」と「経営の健全化」が本院の柱とされ、これに基づき、平成19年度の病院機能評価の認定、地域がん診療連携拠点病院の指定、平成20年度のDPC対象病院の指定、救命救急センターの新設、平成21年度の地域医療支援病院の指定、平成22年度の地域医療部の設置、7対1看護体制の導入、病院総合情報システム（電子カルテ）の導入など、医療の質の向上及び効率化並びに地域医療連携の強化に取り組んできました。

平成22年10月に県立三重病院が公立おがた総合病院へ統合され、本院が唯一の県立の病院となりました。こうした背景の下、平成23年2月に「思いやりと信頼の医療」を基本理念とした「第二期中期事業計画（平成23年度～26年度）」が策定されました。本計画に基づき、周産期医療、小児医療、がん医療などの高度・専門医療の充実、救急医療、感染医療、災害医療などの政策医療への取り組みの強化を図り、平成26年度は4月に循環器センターの新設、11月に第一種感染症指定医療機関の指定を受けました。

本院は、新築移転から既に31年が経過し、基幹的設備の老朽化が懸念されたことから、平成27年度から大規模改修工事に取り組みました。また、これまでの成果を踏まえつつ、継続的かつ安定的に良質な医療を提供するため、令和５年3月に「持続可能な病院を目指して～」を基本理念とした「第五期中期事業計画（令和５年度～８年度）」を策定し、「患者に寄り添った医療を提供」「安心・安全な医療を提供」「医療の質の向上を目指す」「地域の基幹病院としての使命を果たす」「病院事業の情報発信を進める」「県民・職員双方から支持される病院を目指す」「経営基盤の確立に務める」の７つの基本方針に基づき、具体的な課題・問題に取り組んでいます。

令和２年10月には、本県の長年の懸案だった精神医療センターが新設され、本院の役割は益々重要となってきます。

今後とも、県民医療の基幹病院として、県民の安心・安全を医療面で支えるべく、なお一層努めてまいります。